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Gene responsible for different traits

Gene responsible for different traits in Cajanus cajan
S.No.	Genotype name	Trait	Chromosome	Gene	Function	Reference
1	ICP 5529 × ICP 11605	Days of flowering	CcLG03	C.cajan_09900	Coding for pentatricopeptide repeat (PPR) containing protein PPR protein regulates flowering time in Arabidopsis.	https://doi.org/10.1038/s41437-021-00486-x
				C.cajan_10078	Codes for the cell division protein FtsZ homolog


2	Pusa Dwarf	Days to flowering	LG_Cc4			https://doi.org/10.1186/1471-2156-13-84
			LG_Cc5

3	CcGEA	Flower related gene	CcLG06	C.cajan_11513	Pollen-specific protein SF3	doi: 10.1093/jxb/erx010.
			CcLG07	C.cajan_18757	Probable serine/threonine-protein kinase At1g54610

4	ICPA 2043	Floral bud development		C.cajan_44741	Probable pectate lyase 3	https://doi.org/10.1007/s10142-021-00775-y
				C.cajan_10140	Pectinesterase inhibitors
				C.cajan_04310	Pectinesterase inhibitors
				C.cajan_46391	Pectinesterase inhibitors
				C.cajan_19226	L-ascorbate oxidase homolog

5	ICP 99010 × ICP 5529	Cleistogamous flower	CcLG03	C.cajan_08707	DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein; IPR001623 (DnaJ domain), IPR012336(Thioredoxin-like fold)	https://doi.org/10.1186/s12864-019-5595-3
			CcLG06

6	Pusa Dwarf	Days to maturity	LG_Cc4			https://doi.org/10.1186/1471-2156-13-84
			LG_Cc5

7	Breeding lines, landraces and wild species	Shoot length		C.cajan_30211	U-box domain-containing protein 52	https://doi.org/10.1111/pbi.13422
		Root length		C.cajan_29830	Universal stress protein A-like protein
		Plant weight		C.cajan_23080	Universal stress protein

8	Pusa Dwarf	Plant height	LG_Cc4		Showed positive additive effect indicating that the allele for increasing plant height	https://doi.org/10.1186/1471-2156-13-84

9	C. acutifolius × C. cajanifolius	Plant height	LG_Cc11



10	Breeding lines, landraces and wild species	Fresh weight		C.cajan_26230	U-box domain-containing protein 35	https://doi.org/10.1111/pbi.13422
				C.cajan_46779	Cation/H(+) antiporter 15
		Dry weight		C.cajan_26230	U-box domain-containing protein 35
		Turgid weight		C.cajan_46779	Cation/H(+) antiporter 15
		Relative water content		C.cajan_26230	U-box domain-containing protein 35

11	Pusa Dwarf	Pumber of primary branches per plant	LG_Cc4			https://doi.org/10.1186/1471-2156-13-84
			LG_Cc5
		Secondary branches per plant	LG_Cc5
		Number of pods per plant	LG_Cc4

12	ICP 99010 × ICP 5529	Shriveled seed	CcLG06	C.cajan_11346	Retrotransposon protein, putative, Ty1-copia subclass n=1 Tax=Oryza sativa subsp. japonica RepID=Q2QW17_ORYSJ; IPR012337 (Ribonuclease H-like domain); GO:0003676 (nucleic acid binding)	https://doi.org/10.1186/s12864-019-5595-3
				C.cajan_11348	BTB/POZ domain-containing protein [Glycine max]; IPR027356(NPH3 domain)
				C.cajan_11349	Hypothetical protein
				C.cajan_11350	Retrotransposon protein, putative, Ty1-copia subclass n=1 Tax=Oryza sativa subsp. japonica RepID=Q2RAY7_ORYSJ
				C.cajan_11502	DNA methyltransferase 1-associated protein; IPR027109 (SWR1-complex protein 4/DNA methyltransferase 1-associated protein 1); GO:0006281 (DNA repair), GO:0006338 (chromatin remodeling), GO:0035267 (NuA4 histone acetyltransferase complex), GO:0043967 (histone H4 acetylation), GO:0043968 (histone H2A acetylation)	https://doi.org/10.1186/s12864-019-5595-3
				C.cajan_11503	Pathogenesis-related thaumatin superfamily protein; IPR001938(Thaumatin)
				C.cajan_11595	Peroxisomal 3-ketoacyl-CoA thiolase 3; IPR002155(Thiolase), IPR016039 (Thiolase-like); GO:0003824 (catalytic activity), GO:0008152(metabolic process)
			CcLG09	C.cajan_22126	UDP-Glycosyltransferase superfamily protein; IPR002213(UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase); GO:0008152(metabolic process)
				C.cajan_22127	Protein n=1 Tax=Oryza sativa subsp. japonica RepID=C7IYR7_ORYSJ
				C.cajan_22128	Glycogen/starch/alpha-glucan phosphorylase family protein; IPR000811(Glycosyl transferase, family 35); GO:0004645 (phosphorylase activity), GO:0005975 (carbohydrate metabolic process), GO:0008184(glycogen phosphorylase activity), GO:0030170 (pyridoxal phosphate binding)
				C.cajan_22129	UDP-glucose 6-dehydrogenase family protein; IPR017476 (UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase); GO:0003979 (UDP-glucose 6-dehydrogenase activity), GO:0051287 (NAD binding), GO:0055114 (oxidation-reduction process)	https://doi.org/10.1186/s12864-019-5595-3
		Seed size	CcLG06

13	C. acutifolius × C. cajanifolius	100 seed weight	CcLG10			https://doi.org/10.1007/s00122-019-03504-z

	C. acutifolius × C. cajanifolius	Number of seeds per pod	CcLG11			https://doi.org/10.1007/s00122-019-03504-z


14	ICP 5529 × ICP 11605	Shape of leaf	CcLG08	C.cajan_15991	Coding for Ac-like transposase has been play an important role in wrinkled shape character in pea.	https://doi.org/10.1038/s41437-021-00486-x
				C.cajan_16002	Codes for F-box protein. The role of F-box protein has been identified in leaf size and shape.
				C.cajan_16012	Uncharacterized protein
				C.cajan_16013	Uncharacterized protein

15	AKCMS 11	Pollen development				https://doi.org/10.1186/s12870-020-2284-y
		Up-regulated		C.cajan_38216	GPI-anchored-like proteins
				C.cajan_1528	Cytochrome P450-like 78A5
				C.cajan_88538	Cytochrome P450-like 71B34
				C.cajan_16351	Cytochrome P450 90A1-like
				C.cajan_55694	Cytochrome P450 705A25-like
				C.cajan_24040	Aspartic protease
				C.cajan_37598	Ethylene-responsive transcription factor 5 (ERF5)
				C.cajan_37057	GATA transcription factor 25-like
				C.cajan_35517	Mitotic spindle assembly checkpoint protein (MAD1)
				C.cajan_36686	WRKY transcription factor 33 (WRKY33)
		Down-regulated		C.cajan_41968	Auxin-responsive factor 72 (ARF72)
				C.cajan_10186	Leucine-rich repeat receptor protein kinase EMS1
				C.cajan_37653	Fasciclin-like arabinogalactan protein 11
				C.cajan_38216	GPI-anchored-like proteins
				C.cajan_34303	PHD finger like transcription factor (MS1)
				C.cajan_44775	Callose synthase 7
				C.cajan_52234	Callose synthase 8
				C.cajan_83966	Polygalacturonase (PG)
				C.cajan_61890	Endo-1,3-beta glucosidase 17
				C.cajan_7875	Endo-1,3-beta-glucosidase 14
				C.cajan_2910	Calmodulin-like protein 7
				C.cajan_47280	Calmodulin-binding receptor-like protein 2
				C.cajan_41720	Glycerol-3-phosphate acyltransferase 6 (GPAT6)
				C.cajan_84874	Glycerol-3-phosphate acyltransferase 1 (GPAT1)
				C.cajan_13394	fatty acid reductase 3 (FAR3)
				C.cajan_697	S-locus lectin protein kinase family protein
				C.cajan_52697	Late embryogenesis abundant protein 6
				C.cajan_51888	Mitotic spindle assembly checkpoint protein (MAD1)
				C.cajan_41460	Cell division cycle protein 20.1
				C.cajan_41720	Glycerol-3-phosphate 2-O-acyltransferase 6
				C.cajan_47215	Basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding protein
				C.cajan_68741	Transcription factor bHLH90
				C.cajan_45806	P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
				C.cajan_697	S-locus lectin protein kinase family protein

13	BDN 711 × ICPL 20096	Fusarium wilt	CcLG11	C.cajan_03691	Encode “Pumilio homolog 6, (APUM-6)”. The PUF RNA-binding proteins are known to be conserved family in all eukaryotes. These PUF proteins show variability in their repeat number, position and amino acid sequence.	https://doi.org/10.1007/s00122-020-03702-0
			CcLG07	C.cajan_18888	Codes for “Allene oxide cyclase” protein

14	ICPB 2049 × ICPL 99050	Fusarium wilt	CcLG01		FW resistance in susceptible cultivars	https://doi.org/10.1038/s41598-017-01537-2
			CcLG02		FW resistance in susceptible cultivars
			CcLG03		FW resistance in susceptible cultivars
			CcLG04		FW resistance in susceptible cultivars
			CcLG06		FW resistance in susceptible cultivars
			CcLG11		FW resistance in susceptible cultivars

15	ICPL 20096 × ICPL 332	Fusarium wilt	CcLG03		FW resistance in susceptible cultivars	https://doi.org/10.1038/s41598-017-01537-2
			CcLG07		FW resistance in susceptible cultivars
			CcLG11		FW resistance in susceptible cultivars
			CcLG11		FW resistance in susceptible cultivars
			CcLG11		FW resistance in susceptible cultivars
			CcLG11		FW resistance in susceptible cultivars

16	ICPL 85063 × ICPL 87119	Fusarium wilt	CcLG05		FW resistance in susceptible cultivars	https://doi.org/10.1038/s41598-017-01537-2
			CcLG08		FW resistance in susceptible cultivars
			CcLG08		FW resistance in susceptible cultivars
			CcLG011		FW resistance in susceptible cultivars
			CcLG011		FW resistance in susceptible cultivars

17	BDN 711 × ICPL 20096	Sterility mosaic diseases	CcLG02	C.cajan_07858	Code for “ABC transporter G family”	https://doi.org/10.1007/s00122-020-03702-0
			CcLG04	C.cajan_20995	Translating “Myb protein 1 (DdTom1)”. Myb proteins are known to function as transcription factors with their ability to bind DNA.
			CcLG04	C.cajan_21801	Code for “Myb-related protein”

18	ICPL 20096 × ICPL 332	Sterility mosaic diseases	CcLG11			doi: 10.1038/s41598-017-01535-4

19	ICPL 20097 × ICP 8863	Sterility mosaic diseases	CcLG02			doi: 10.1038/s41598-017-01535-4
			CcLG10

20	ICP 8863 × ICPL 87119	Sterility mosaic diseases	CcLG03			doi: 10.1038/s41598-017-01535-4
			CcLG07
			CcLG11

QTLs name for different traits in Pigeonpea

QTLs names with their functions responsible for different traits in Cajanus cajan
S.No.	Genotype name	Trait	QTLs	Function	Reference
1	ICP 5529 × ICP 11605	Days of flowering	qDF3.1	Coding for pentatricopeptide repeat (PPR) containing protein PPR protein regulates flowering time in Arabidopsis.	https://doi.org/10.1038/s41437-021-00486-x
			qDF3.3	Codes for the cell division protein FtsZ homolog
			qDF3.4
			qDF3.2

2	C. acutifolius × C. cajanifolius	Days to 50% flowering	S7_14185076		https://doi.org/10.1007/s00122-019-03504-z
			S7_14276210
			S7_14775218
			S7_17744567

3	Pusa Dwarf	Days to flowering	qFL4.1	Genetic mapping of these traits has direct implications for the development of short duration high yielding pigeonpea varieties.	https://doi.org/10.1186/1471-2156-13-84
			qFL5.1

4	ICP 99010 × ICP 5529	Cleistogamous flower	qCl3.2	DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein; IPR001623 (DnaJ domain), IPR012336(Thioredoxin-like fold)	https://doi.org/10.1186/s12864-019-5595-3
			qCl6.1

5	C. acutifolius × C. cajanifolius	Days to 50% maturity	S7_14185076		https://doi.org/10.1007/s00122-019-03504-z
			S9_46575
			S11_24158029

6	Pusa Dwarf	Days to maturity	qMT4.1	Genetic mapping of these traits has direct implications for the development of short duration high yielding pigeonpea varieties.	https://doi.org/10.1186/1471-2156-13-84
			qMT5.1

7	Pusa Dwarf	Number of primary branches per plant	qPB3.1		https://doi.org/10.1038/s41598-020-61889-0
			qPB5.1

8	Pusa Dwarf	Pumber of primary branches per plant	qPB4.1		https://doi.org/10.1186/1471-2156-13-84
			qPB5.1

9	Pusa Dwarf	Pod bearing length on the primary branches	qPBLp2.1		https://doi.org/10.1038/s41598-020-61889-0

10	Pusa Dwarf	Secondary branches per plant	qSB5.1		https://doi.org/10.1186/1471-2156-13-84

		Number of seeds per pod	qSP5.1
			qSP10.1

11	H2001-4	Pod bearing length on the main axis	qPBLm3.1		https://doi.org/10.1038/s41598-020-61889-0
		Pod bearing length on the primary branches	qPBLp7.1
			qPBLp7.2
			qPBLp7.3
		Number of seeds per pod	qSP3.1

12	Pusa Dwarf	Number of pods per plant	qPD3.1	Showed significant additive by additive, additive by dominance and dominance by dominance interactions	https://doi.org/10.1186/1471-2156-13-84
			qPD5.1	Contributed to 6.79% of the total phenotypic variance as indicated by the heritability estimate of the epistatic allele by QTL Network

13	ICP 99010 × ICP 5529	Shriveled seed	qShS6.1	Retrotransposon protein, putative, Ty1-copia subclass n=1 Tax=Oryza sativa subsp. japonica RepID=Q2QW17_ORYSJ; IPR012337 (Ribonuclease H-like domain); GO:0003676 (nucleic acid binding)	https://doi.org/10.1186/s12864-019-5595-3
		Seed size	qSS6.1	UDP-glucose 6-dehydrogenase family protein; IPR017476 (UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase); GO:0003979 (UDP-glucose 6-dehydrogenase activity), GO:0051287 (NAD binding), GO:0055114 (oxidation-reduction process)

14	ICPL 20340×ICP 15739	Seed length	QTL1	An indicator of reduced membrane integrity.	https://doi.org/10.1007/s13205-020-02423-x
			QTL2
		Seed width	QTL3	An indicator of reduced membrane integrity.
			QTL4
			QTL5
		Seed thickness	QTL6
			QTL7	An indicator of reduced membrane integrity.
			QTL8
		Seed weight	QTL9	An indicator of reduced membrane integrity.
			QTL10

15	Pusa Dwarf	Plant height	qPH4.1	Showed positive additive effect indicating that the allele for increasing plant height	https://doi.org/10.1186/1471-2156-13-84
			qPH5.1

16	ICPA 2039 × ICPL 87119	Restoration of fertility	qRf8.1	Genomics-assisted breeding and identification of causal genes/nucleotides for the restoration of fertility in the hybrid breeding program of pigeonpea.	https://doi.org/10.1186/s12864-020-06859-6

17	ICPL 20340×ICP 15739				https://doi.org/10.1007/s13205-020-02423-x
		Electrical conductivity	QTL11	An indicator of reduced membrane integrity.
		Water uptake	QTL12	An indicator of reduced membrane integrity.
			QTL13	An indicator of reduced membrane integrity.
			QTL14
			QTL15

18	ICPB 2049 × ICPL 99050	Fusarium wilt	qFW1.1	FW resistance in susceptible cultivars	https://doi.org/10.1038/s41598-017-01537-2
			qFW2.1	FW resistance in susceptible cultivars
			qFW3.1	FW resistance in susceptible cultivars
			qFW4.1	FW resistance in susceptible cultivars
			qFW6.1	FW resistance in susceptible cultivars
			qFW11.1	FW resistance in susceptible cultivars
			qFW11.2	FW resistance in susceptible cultivars
			qFW11.3	FW resistance in susceptible cultivars

19	ICPL 20096 × ICPL 332	Fusarium wilt	qFW3.2	FW resistance in susceptible cultivars	https://doi.org/10.1038/s41598-017-01537-2
			qFW7.1	FW resistance in susceptible cultivars
			qFW11.1	FW resistance in susceptible cultivars
			qFW11.2	FW resistance in susceptible cultivars
			qFW11.3	FW resistance in susceptible cultivars
			qFW11.4	FW resistance in susceptible cultivars

20	ICPL 85063 × ICPL 87119	Fusarium wilt	qFW5.1	FW resistance in susceptible cultivars	https://doi.org/10.1038/s41598-017-01537-2
			qFW8.1	FW resistance in susceptible cultivars
			qFW8.2	FW resistance in susceptible cultivars
			qFW11.1	FW resistance in susceptible cultivars
			qFW11.3	FW resistance in susceptible cultivars

21	ICPL 20096 × ICPL 332	Sterility mosaic diseases	qSMD11.1		doi: 10.1038/s41598-017-01535-4

22	ICPL 20097 × ICP 8863	Sterility mosaic diseases	qSMD2.1		doi: 10.1038/s41598-017-01535-4
			qSMD10.1

23	ICP 8863 × ICPL 87119	Sterility mosaic diseases	qSMD3.1		doi: 10.1038/s41598-017-01535-4
			qSMD7.1
			qSMD11.2
			qSMD11.3
			qSMD11.4

Construction and validation of 95 different pigeonpea genotypes

95 different pigeonpea genotypes were employed in the construction and validation of a 62K SNP chiparray.
S. No.	Genotype/	Germplasm/ Line Variety (year)	Original source	Seed source	Height group	Maturity group	Growth habit	Reference
1	AKCMS-11A	Breeding line	PDKV, Akola	IARI	Tall	Medium	Indeterminate	https://doi.org/10.1038/s41598-020-61889-0
2	AKCMS-11B	Breeding line	PDKV, Akola	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
3	AKCMS-13A	Breeding line	PDKV, Akola	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
4	AKCMS-13B	Breeding line	PDKV, Akola	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
5	AKPHM-11303	Breeding line	PDKV, Akola	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
6	AKPR-303	Breeding line	PDKV, Akola	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
7	Asha Dwarf	Mutant line	BHU, Varanasi	IARI	Dwarf	Medium	Determinate
8	Asha	Variety (1993)	ICRISAT, Patancheru	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
9	Bahar	Variety (1986)	RAU, Samastipur	IARI	Tall	Late	Indeterminate
10	BDN 2029	Breeding line	ARS, Badnapur	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
11	BDN 708	Variety (2004)	ARS, Badnapur	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
12	BRG 2	Variety (2009)	UAS, Bengaluru	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
13	BSMR 846	Breeding line	ARS, Badnapur	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
14	BSMR 853	Variety (2001)	ARS, Badnapur	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
15	CO 5	Variety (1985)	TNAU, Coimbatore	IARI	Tall	Early	Indeterminate
16	Dholi Dwarf	Breeding line	RAU, Dholi	IARI	Dwarf	Late	Determinate
17	H2001-4	Breeding line	CCSHAU, Hissar	IARI	Dwarf	Early	Indeterminate
18	ICPH 7-1	Breeding line	ICRISAT, Patancheru	IARI	Medium	Early	Indeterminate
19	ICPL 20325	Germplasm	ICRISAT, Patancheru	IARI	Tall	Early	Determinate
20	ICPL 2039	Germplasm	ICRISAT, Patancheru	IARI	Medium	Medium	Determinate
21	ICPL 84023	Germplasm	ICRISAT, Patancheru	IARI	Medium	Early	Determinate
22	ICPL 88034	Germplasm	ICRISAT, Patancheru	IARI	Tall	Early	Indeterminate
23	ICPX060131	Germplasm	ICRISAT, Patancheru	IARI	Tall	Early	Indeterminate
24	JKM 189	Variety (2006)	JNKVV, Jabalpur	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
25	LRG 41	Breeding line	RARS, Lam	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
26	LRG 30	Variety (1980)	RARS, Lam	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
27	LRG 38	Variety (2002)	RARS, Lam	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
28	MAL 6	Variety (2002)	BHU, Varanasi	IARI	Tall	Late	Indeterminate
29	MAL 13	Variety (2004)	BHU, Varanasi	IARI	Tall	Late	Indeterminate
30	MAL 18	Breeding line	BHU, Varanasi	IARI	Tall	Late	Indeterminate
31	MAPTH 1	Germplasm	BHU, Varanasi	IARI	Tall	Late	Indeterminate
32	Maruti	Variety (1986)	ICRISAT, Patancheru	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
33	PS5225	Germplasm	SKAF, Mandsore	IARI	Tall	Medium	Determinate
34	PAE-9-569	Breeding line	IARI, New Delhi	IARI	Tall	Early	Indeterminate
35	PAE-II-21	Breeding line	IARI, New Delhi	IARI	Tall	Early	Indeterminate
36	PDF-EE	Breeding line	IARI, New Delhi	IARI	Tall	Early	Indeterminate
37	Pusa 2001	Variety (2006)	IARI, New Delhi	IARI	Tall	Early	Indeterminate
38	Pusa 2002	Variety (2007)	IARI, New Delhi	IARI	Tall	Early	Indeterminate
39	Pusa 2012-1	Breeding line	IARI, New Delhi	IARI	Tall	Early	Indeterminate
40	Pusa 991	Variety (2005)	IARI, New Delhi	IARI	Tall	Early	Indeterminate
41	Pusa 992	Variety (2002)	IARI, New Delhi	IARI	Tall	Early	Indeterminate
42	Pusa Dwarf	Breeding line	IARI, New Delhi	IARI	Dwarf	Early	Indeterminate
43	Vipula	Variety (2006)	MPKV, Rahuri	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
44	WRG 53	Variety (2009)	RARS, Warangal	IARI	Tall	Medium	Indeterminate
45	WRG 27	Breeding line	RARS, Warangal	IARI	Medium	Medium	Indeterminate
46	B-DG 11115	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Medium	Semi erect
47	DG (Rg) 15	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Tall	Long	Compact erect
48	DG (Rg) 16	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Medium	Compact erect
49	DG(Rg)- 23	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Dwarf	Early	Compact erect
50	DG(Rg)- 24	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Dwarf	Early	Compact erect
51	DG(Rg)- 26	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Tall	Long	Semi erect
52	DG(Rg)- 27	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Long	Compact erect
53	DG(Rg)- 29	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Dwarf	Early	Compact erect
54	DG(Rg)- 3	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Long	Semi erect
55	DG(Rg)- 38	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Early	Semi erect
56	DG(Rg)- 39	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Tall	Long	Compact erect
57	DG(Rg)- 40	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Tall	Long	Semi erect
58	DG(Rg)- 41	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Tall	Medium	Semi erect
59	DG(Rg)- 42	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Tall	Medium	Semi erect
60	DG(Rg)- 44	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Long	Semi erect
61	DG(Rg)- 45	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Tall	Long	Compact erect
62	DG(Rg)- 46	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Medium	Compact erect
63	DG(Rg)- 47	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Medium	Compact erect
64	DG(Rg)- 48	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Medium	Compact erect
65	DG(Rg)- 51	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Medium	Compact erect
66	DG(Rg)- 52	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Tall	Medium	Compact erect
67	DG(Rg)- 53	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Medium	Compact erect
68	DG(Rg)- 54	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Medium	Compact erect
69	DG(Rg)- 55	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Tall	Medium	Semi erect
70	DG(Rg)- 56	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Tall	Long	Semi erect
71	DG(Rg)- 58	Breeding line	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Tall	Long	Semi erect
72	EC13693	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Early	Semi erect
73	EC151154	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Early	Semi erect
74	EC528314	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Early	Semi erect
75	EC528321	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Dwarf	Medium	Compact erect
76	EC528322	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Dwarf	Medium	Compact erect
77	IC33671	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Early	Semi erect
78	IC387061	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Medium	Compact erect
79	IC43534	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Tall	Long	Semi erect
80	ICP11512	Germplasm	ICRISAT, Patancheru	NBPGR	Tall	Long	Semi erect
81	ICP15054	Germplasm	ICRISAT, Patancheru	NBPGR	Tall	Long	Semi erect
82	ICP15335	Germplasm	ICRISAT, Patancheru	NBPGR	Dwarf	Early	Compact erect
83	ICP15350	Germplasm	ICRISAT, Patancheru	NBPGR	Dwarf	Early	Compact erect
84	ICP15354	Germplasm	ICRISAT, Patancheru	NBPGR	Dwarf	Early	Compact erect
85	ICP16451	Germplasm	ICRISAT, Patancheru	NBPGR	Medium	Long	Compact erect
86	ICP16675	Germplasm	ICRISAT, Patancheru	NBPGR	Tall	Early	Semi erect
87	T-10/9	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Dwarf	Early	Compact erect
88	T-13/4	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Dwarf	Early	Compact erect
89	T-14/18	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Dwarf	Early	Compact erect
90	T-17/12	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Tall	Early	Semi erect
91	T-7/5	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Dwarf	Early	Compact erect
92	T-87/2	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Tall	Early	Semi erect
93	T-95/4	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Tall	Early	Semi erect
94	U11-34	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Dwarf	Medium	Compact erect
95	U1180	Germplasm	NBPGR, New Delhi	NBPGR	Medium	Medium	Semi erect

DQC and call rate of 62K SNP chip genotype data

DQC, call rates, and percent heterozygozity were calculated using 62K SNP chip array genotyping data on 95 pigeonpea genotypes.
S. no.	Sample name	DQC	Call rate (%)	Heterozygosity (%)	Homozygosity (%)	Reference
1	AKCMS-11A	0.96	99.38	16.23	83.77	https://doi.org/10.1038/s41598-020-61889-0
2	AKCMS-11B	0.95	99.37	14.09	85.91
3	AKCMS-13A	0.98	99.8	12.38	87.62
4	AKCMS-13B	0.96	99.28	7.11	92.89
5	AKPHM-11303	0.99	99.71	5.16	94.84
6	AKPR-303	0.98	99.59	6.22	93.78
7	Asha	0.96	99.16	16.84	83.16
8	Asha Dwarf	0.97	99.06	5.57	94.43
9	B-DG11115	0.98	99.73	9.87	90.13
10	Bahar	0.98	99.73	5.76	94.24
11	BDN2029	0.95	98.07	11.72	88.28
12	BDN708	0.98	99.78	5.36	94.64
13	BRG-2	0.97	99.27	7.93	92.07
14	BSMR-853	0.98	99.73	7.31	92.7
15	BSMR846	0.96	99.32	11.22	88.78
16	CO 5	0.98	99.66	5.85	94.15
17	DG(Rg)-15	0.99	99.68	5.41	94.59
18	DG(Rg)-16	0.99	99.71	11.17	88.83
19	DG(Rg)-23	0.99	99.8	5.55	94.45
20	DG(Rg)-24	0.97	94.47	7	93
21	DG(Rg)-26	0.99	99.86	11.24	88.76
22	DG(Rg)-27	0.99	99.04	13.16	86.84
23	DG(Rg)-29	0.97	99.68	14.61	85.39
24	DG(Rg)-3	0.99	99.75	12.9	87.1
25	DG(Rg)-38	0.98	99.15	7.23	92.78
26	DG(Rg)-39	0.99	99.75	14.44	85.56
27	DG(Rg)-40	0.98	99.78	8.52	91.48
28	DG(Rg)-41	0.99	99.8	6.73	93.27
29	DG(Rg)-42	0.99	99.62	7.16	92.84
30	DG(Rg)-44	0.99	99.75	10.73	89.28
31	DG(Rg)-45	0.99	99.76	7.51	92.49
32	DG(Rg)-46	0.98	99.76	7.16	92.84
33	DG(Rg)-47	0.99	99.59	7.27	92.73
34	DG(Rg)-48	0.98	99.65	5.16	94.84
35	DG(Rg)-51	0.98	99.77	14.05	85.95
36	DG(Rg)-52	0.98	99.71	7.5	92.5
37	DG(Rg)-53	0.99	99.73	8.26	91.74
38	DG(Rg)-54	0.98	99.64	6.06	93.94
39	DG(Rg)-55	0.99	99.85	12.78	87.22
40	DG(Rg)-56	0.99	99.78	13.14	86.86
41	DG(Rg)-58	0.98	99.69	9.89	90.11
42	Dholi Dwarf	0.98	99.76	5.57	94.43
43	EC13693	0.99	99.81	6.32	93.68
44	EC151154	0.99	99.77	14.51	85.49
45	EC528314	0.99	99.71	12.18	87.82
46	EC528321	0.99	99.48	11.23	88.77
47	EC528322	0.99	99.61	11.33	88.67
48	H2001-4	0.93	98.67	14.63	85.37
49	IC33671	0.98	98.08	10.79	89.21
50	IC387061	0.99	99.83	10.84	89.16
51	IC43534	0.98	99.63	6.84	93.16
52	ICP11512	0.99	91.59	15.23	84.77
53	ICP15054	0.97	99.72	11.07	88.93
54	ICP15335	0.98	99.72	9.34	90.66
55	ICP15350	0.98	99.59	12.47	87.53
56	ICP15354	0.99	99.85	14.46	85.54
57	ICP16451	0.98	99.41	14.02	85.98
58	ICP16675	0.99	99.73	12.42	87.58
59	ICPH-7	0.98	99.77	5.41	94.59
60	ICPL-84023	0.96	98.82	10.34	89.66
61	ICPL20325	0.93	98.15	13.2	86.8
62	ICPL2039	0.98	99.66	5.48	94.52
63	ICPL88034	0.96	99.63	13.85	86.15
64	ICPX060131	0.97	99.7	6.57	93.44
65	JKM-189	0.99	99.32	7.9	92.1
66	LRG 141	0.98	99.68	14.01	85.99
67	LRG 30	0.98	99.74	5.09	94.91
68	LRG 38	0.96	98.35	10.55	89.45
69	MAL 6	0.97	99.59	6.34	93.66
70	MAL 13	0.99	99.04	9.19	90.82
71	MAL 18	0.97	98.48	10.54	89.47
72	MAPTH-1	0.99	99.51	5.75	94.25
73	Maruti	0.98	99.59	6.17	93.83
74	PS-5225	0.98	99.75	7.07	92.93
75	PAE-9-569	0.95	99.63	12.66	87.34
76	PAE-II-21	0.92	98.22	13.45	86.56
77	PDF-EE	0.99	99.84	13.56	86.45
78	Pusa 2001	0.98	99.74	7.95	92.05
79	Pusa 2002	0.95	98.42	12.22	87.78
80	Pusa 2012-1	0.99	99.89	11.51	88.49
81	Pusa 991	0.97	93.26	15.8	84.2
82	Pusa 992	0.98	99.76	8.77	91.23
83	Pusa Dwarf	0.99	99.75	5.42	94.58
84	T-10-9	0.98	99.77	9.89	90.11
85	T-13-4	0.98	99.7	5.28	94.72
86	T-14-18	0.97	99.53	15.44	84.56
87	T-17-12	0.99	99.75	7.08	92.92
88	T-7-5	0.99	99.8	8.38	91.62
89	T-87-2	0.97	99.6	8.05	91.95
90	T-95-4	0.97	99.64	4.89	95.11
91	U11-34	0.98	99.87	9.06	90.94
92	U1180	0.98	98.64	11.86	88.14
93	Vipula	0.98	95.84	17.7	82.31
94	WRG-53	0.99	99.66	5.81	94.19
95	WRP-27	0.98	99.77	11.61	88.39

Pigeonpea 62K SNP array information including Affymetrix Probe Id, NIPB SNP Id and SNP flanking DNA sequence. The NIPB SNP Id includes gene category (e.g. AGCP in the first row) gene number (-1 in the first row) and SNP position in the reference gene sequence (_1106 in the first row).
Affymetrix Probe Id	NIPB SNP Id	Sequence	Reference
AX-165351841	AGCP-1_1106	CATAGCCACTGGATTCTTTTAACAACTCAACAAAA[A/T]TTTTAAGATAATCATTTAAAAGTACTTAACTGTTT	https://doi.org/10.1038/s41598-020-61889-0
AX-165361157	AGCP-1_1106	CATAGCCACTGGATTCTTTTAACAACTCAACAAAA[A/T]TTTTAAGATAATCATTTAAAAGTACTTAACTGTTT
AX-165344479	AGCP-1_1485	TGTTGGAAATATTCTTTTTGCAGGATAGTGACAGA[C/T]ATTCCAGGCACAACAGATGCCACATTTGGTAGGTT
AX-165358817	AGCP-1_1485	TGTTGGAAATATTCTTTTTGCAGGATAGTGACAGA[C/T]ATTCCAGGCACAACAGATGCCACATTTGGTAGGTT
AX-165352020	AGCP-1_1713	TCAAGCAAAAGCGTAGGCAGTGTGTTACTCCACCT[G/T]CTTCAAGGGATCACTTCAACACACGCAATTTCGCC
AX-165355614	AGCP-1_1713	TCAAGCAAAAGCGTAGGCAGTGTGTTACTCCACCT[G/T]CTTCAAGGGATCACTTCAACACACGCAATTTCGCC
AX-165352026	AGCP-1_1775	AATTTCGCCGCACAGAATGACCTTGGCCTCCCTGT[G/T]GCTGCTGTCTACTTCAATGCACAGAGGGAAACGGC
AX-165360737	AGCP-1_1775	AATTTCGCCGCACAGAATGACCTTGGCCTCCCTGT[G/T]GCTGCTGTCTACTTCAATGCACAGAGGGAAACGGC
AX-165358689	AGCP-1_1814	GCTGTCTACTTCAATGCACAGAGGGAAACGGCTGC[A/T]AGAAGACGCTAGCGAGCATACTTGGTGATTGCTTC
AX-165359624	AGCP-1_1814	GCTGTCTACTTCAATGCACAGAGGGAAACGGCTGC[A/T]AGAAGACGCTAGCGAGCATACTTGGTGATTGCTTC
AX-165343849	AGCP-1_685	ATACCCAAGGTTGAGATTGATGGTGGTGATATGAG[A/G]TCCTTCTTCACACTGGTATATATGTATCTCTTCTT
AX-165351140	AGCP-1_685	ATACCCAAGGTTGAGATTGATGGTGGTGATATGAG[A/G]TCCTTCTTCACACTGGTATATATGTATCTCTTCTT
AX-165343907	AGCP-10_1035	AAGGGTATCAAGACAGATTGGATTATGCATGAGTA[C/T]AGATTAATTGGATCAAGAAGACAAGCCAATAGGCA
AX-165346488	AGCP-10_1035	AAGGGTATCAAGACAGATTGGATTATGCATGAGTA[C/T]AGATTAATTGGATCAAGAAGACAAGCCAATAGGCA
AX-165347178	AGCP-10_1256	TAATATATAAATGTCATAACTAATATAATTTCTAA[C/T]TGGTTAAGTGGATAAAAGATTTTATATTACTCTTT
AX-165355202	AGCP-10_1256	TAATATATAAATGTCATAACTAATATAATTTCTAA[C/T]TGGTTAAGTGGATAAAAGATTTTATATTACTCTTT
AX-165345747	AGCP-10_1403	TGTGTAGGATCTATAAGAAGAAGAACATGGGAAAA[A/T]CATTGGAGGCAAGAGAGGACTACCCTATATCCCAA
AX-165358960	AGCP-10_1403	TGTGTAGGATCTATAAGAAGAAGAACATGGGAAAA[A/T]CATTGGAGGCAAGAGAGGACTACCCTATATCCCAA
AX-165353308	AGCP-10_541	GGAAGAACAACCACCTCTGTACTCCCACCTGGCTT[C/T]AGGTTTCACCCCACTGATGAGGAACTAATTGTGTA
AX-165360048	AGCP-10_541	GGAAGAACAACCACCTCTGTACTCCCACCTGGCTT[C/T]AGGTTTCACCCCACTGATGAGGAACTAATTGTGTA
AX-165352122	AGCP-10_897	TACCCAAATGGGGTGAGGCCTAATAGAGCAACTGT[G/T]TCTGGGTATTGGAAGGCTACTGGCACTGACAAAGC
AX-165359412	AGCP-10_897	TACCCAAATGGGGTGAGGCCTAATAGAGCAACTGT[G/T]TCTGGGTATTGGAAGGCTACTGGCACTGACAAAGC
AX-165346642	AGCP-10_992	TGGGGTGAAGAAAGCTTTGGTTTTCTACAAGGGTA[A/G]GCCACCAAAGGGTATCAAGACAGATTGGATTATGC
AX-165356564	AGCP-10_992	TGGGGTGAAGAAAGCTTTGGTTTTCTACAAGGGTA[A/G]GCCACCAAAGGGTATCAAGACAGATTGGATTATGC
AX-165342764	AGCP-100_1074	TTAGTTTATGTGATATATAAGTTAAATATTTATTA[C/T]ATATAATTAAAATTTTAAATAAATATTATTTTTTA
AX-165355348	AGCP-100_1074	TTAGTTTATGTGATATATAAGTTAAATATTTATTA[C/T]ATATAATTAAAATTTTAAATAAATATTATTTTTTA
AX-165342891	AGCP-100_1086	ATATATAAGTTAAATATTTATTACATATAATTAAA[A/G]TTTTAAATAAATATTATTTTTTAATTAGTAAATAT
AX-165355037	AGCP-100_1086	ATATATAAGTTAAATATTTATTACATATAATTAAA[A/G]TTTTAAATAAATATTATTTTTTAATTAGTAAATAT
AX-165349604	AGCP-100_1125	TAAATAAATATTATTTTTTAATTAGTAAATATTAT[A/G]TTTAGATATATAAATTATATATAAAATTTGAATAA
AX-165350051	AGCP-100_1125	TAAATAAATATTATTTTTTAATTAGTAAATATTAT[A/G]TTTAGATATATAAATTATATATAAAATTTGAATAA
AX-165354369	AGCP-100_1146	TTAGTAAATATTATGTTTAGATATATAAATTATAT[A/T]TAAAATTTGAATAAATATATAGATTATATTTTAAA
AX-165355687	AGCP-100_1146	TTAGTAAATATTATGTTTAGATATATAAATTATAT[A/T]TAAAATTTGAATAAATATATAGATTATATTTTAAA
AX-165354548	AGCP-100_1270	TTATAAATAATTATGACAAATAAATATACGAGATT[A/G]AAATAATTTCTAAAAACTTTTTCTTGAAGAAAAGT
AX-165356503	AGCP-100_1270	TTATAAATAATTATGACAAATAAATATACGAGATT[A/G]AAATAATTTCTAAAAACTTTTTCTTGAAGAAAAGT
AX-165353178	AGCP-100_1607	TTTTTTCTTTGTATGATAAGAAAAAAGGGTTGATC[A/G]CAAAGCATGTGGCATGGATGTTAAGGTGTTATATG
AX-165358052	AGCP-100_1607	TTTTTTCTTTGTATGATAAGAAAAAAGGGTTGATC[A/G]CAAAGCATGTGGCATGGATGTTAAGGTGTTATATG
AX-165344999	AGCP-100_189	TATAGACATTGACCTCTCAAATAATTTGTCTAAAA[A/T]CTATCCAAACATGTAAAAAAAAAATTCAAAAATTG
AX-165356399	AGCP-100_189	TATAGACATTGACCTCTCAAATAATTTGTCTAAAA[A/T]CTATCCAAACATGTAAAAAAAAAATTCAAAAATTG
AX-165351389	AGCP-100_2155	CATTCTAATGCATTTTTATTTTTCATGAAGGATAT[C/G]CTTTATGCCCTACTTTGGGGGATGGGGTAAGGAAT
AX-165360902	AGCP-100_2155	CATTCTAATGCATTTTTATTTTTCATGAAGGATAT[C/G]CTTTATGCCCTACTTTGGGGGATGGGGTAAGGAAT
AX-165347624	AGCP-100_216	GTCTAAAATCTATCCAAACATGTAAAAAAAAAATT[C/G]AAAAATTGACTTTATGTCCTTATAAGATGTGTCAC
AX-165355330	AGCP-100_216	GTCTAAAATCTATCCAAACATGTAAAAAAAAAATT[C/G]AAAAATTGACTTTATGTCCTTATAAGATGTGTCAC
AX-165345284	AGCP-100_2573	TAAAGATTATTTTTGTCTTTACTTCTCAATTCCGT[G/T]ACAATTATCTCATCTAGAATGATTTAAATCATGAG
AX-165346240	AGCP-100_2573	TAAAGATTATTTTTGTCTTTACTTCTCAATTCCGT[G/T]ACAATTATCTCATCTAGAATGATTTAAATCATGAG
AX-165348958	AGCP-100_326	ATTGCATATAAAAGAGGTTTGGCTGCAAATGAAAG[G/T]ATTGCAGTTTGAAGTAGGCCAAGAATTGTGCCAAA
AX-165350222	AGCP-100_326	ATTGCATATAAAAGAGGTTTGGCTGCAAATGAAAG[G/T]ATTGCAGTTTGAAGTAGGCCAAGAATTGTGCCAAA
AX-165348661	AGCP-100_3982	AAAGACTCAATATTAATTAACAGATATTAAAGACA[C/T]GCATATATATCGACCTAAAGAAAAATATGTTGACT
AX-165354060	AGCP-100_3982	AAAGACTCAATATTAATTAACAGATATTAAAGACA[C/T]GCATATATATCGACCTAAAGAAAAATATGTTGACT
AX-165346145	AGCP-100_4575	CTACCACATATTACCATCATATATATAATAGACAA[A/C]AAAATGTAAATTTTGTGACTCCACACACACACATA
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Pigeonpea 62K SNP array information including Affymetrix Probe Id, NIPB SNP Id and SNP flanking DNA sequence. The NIPB SNP Id includes gene category (e.g. AGCP in the first row) gene number (-1 in the first row) and SNP position in the reference gene sequence (_1106 in the first row).
Affymetrix Probe Id	NIPB SNP Id	Sequence	Reference
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AX-165382550	CSCSP-4198_3290	AGATGCATGCATCCTGGGGCAAACAAAGATACAAT[G/T]CCCAAGATAAAATTAATGGTGCATAGTTTCCACCA
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AX-165403456	CSCSP-4198_5534	TGGAACAAAAAATAGCCTCCACTTCATACAAAAGT[C/T]AAAAACTATGAAAACTAATCATCAAAAATTAGTCC
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AX-165369423	CSCSP-4198_7143	TTAGCAAATTGCAAAACAGGAATGACAATTCCCTC[C/T]GAACCAACTTTAACTCTTTTTGTGAAAATTAACAC
AX-165373941	CSCSP-4198_7309	AATGCCACACATGAAAATTTATTATGACAAAATGA[A/G]CAATAAATCACAGTAAAAATTCTACAAATGCCAAA

Pigeonpea 62K SNP array information including Affymetrix Probe Id, NIPB SNP Id and SNP flanking DNA sequence. The NIPB SNP Id includes gene category (e.g. AGCP in the first row) gene number (-1 in the first row) and SNP position in the reference gene sequence (_1106 in the first row).
Affymetrix Probe Id	NIPB SNP Id	Sequence	Reference
AX-165362153	CSCSP-4198_739	AATCGAGGCATATGCCCTCCTAACAGAAGAGATAA[G/T]ATTTTTCGCCTCATTATTTCAGCACTGGATCCATC	https://doi.org/10.1038/s41598-020-61889-0
AX-165365983	CSCSP-4198_7609	ATGAAACATGTAATGAAAACTAATTTACCCAGAGT[C/T]CAACCCACAAAGCCAACAACTTCCTAATAAAAATT
AX-165373768	CSCSP-4198_8078	GATCATTTAAAATAGTTCAAGCACTAAAAAGAAAG[A/C]AAGTGTTTAAAATCAAATTATTCCAATACAAGTCA
AX-165361730	CSCSP-4198_8370	GTGAGGTGTCTTGACAGAACTCTTCCCAACTGAAT[A/T]CAGCAAGTTGAAGATTGCAATTAAACATGAACTAC
AX-165413905	CSCSP-4198_8370	GTGAGGTGTCTTGACAGAACTCTTCCCAACTGAAT[A/T]CAGCAAGTTGAAGATTGCAATTAAACATGAACTAC
AX-123669334	CSCSP-4198_851	CCTTTTGAAATCCAAATTTTCTCTCTGCCTTCCGC[A/G]TATACTCTAGAGCACGGTAAAGGGACCTTAAACTG
AX-165363950	CSCSP-4198_8899	GATGATCAGATAACGTTATTAAAAATTAAATTAGA[A/C]TATAACAAGCTAGAACAAACCTTAGACCACTAAAA
AX-165377369	CSCSP-4198_9345	ATTCCTAGGTTTTTTATGATAATAATCAACACAAA[C/T]CATCTTTCTACCAAAATCATACGAATATCACACCT
AX-123669332	CSCSP-4198_9697	CACAAGACGAAGCAATGCAACAGCCTTATCAACAA[G/T]AAGTCGAGCCATTGGACGGAAACATCCCATCAATG
AX-165388376	CSCSP-4202_1183	TAATATATTTTTTCTAAAATATTTTTTTCTTAATA[G/T]AAGATTTTTTTAGTTACACTATTTATTTTAACATT
AX-165405361	CSCSP-4202_967	GGATGCGCACGATAGGGGGTTGCGCAACCGGCGCA[C/T]GCAAGGCCACAAGGGTGCACGCTAGCAAGACGCGC
AX-165400045	CSCSP-4205_1557	AAAGTTATCTATAACCAATAATGATTTCAATTGAT[G/T]ATAATTCAGGAACATCCATACGCAAAGTAGGAAAA
AX-165398567	CSCSP-4205_1576	AATGATTTCAATTGATGATAATTCAGGAACATCCA[C/T]ACGCAAAGTAGGAAAAGAAATCCAAACAGACCATA
AX-165376346	CSCSP-4205_1862	CTTCATTTTAAACGCAGGAAGCTTCTCCCTAAATG[A/G]TTTCATTTCCTTCAAACTATCACTTGCCTGCACAT
AX-123669803	CSCSP-4205_2021	GCCTTTCCTTGAGTGAAACACTAAGTTTCTCCTTC[A/G]AAGAATCTGTCGGTTCTGAAGAAACAGATTTTATC
AX-165378418	CSCSP-4205_2500	GTTAATTGATGCTTAGTATGTAGCATATTATGTGC[A/C]AGAAATGATTATTTCCACAAATTCAATTACCGTTT
AX-165371792	CSCSP-4205_2586	ATGTTACATGTTATAGTTGCCTAGCTCTTATACTG[A/C]TAGTATAAGTACAATATGCAACCTAGGGTAGTAAA
AX-165364490	CSCSP-4205_3652	TCTGTTTTAGTTAAGAGAGAAAGCTTATTTCATTT[G/T]TCCTTCATATTTTCTTTCTTATAAACACTTATGGA
AX-123689401	CSCSP-4205_3771	TCATTGTAATCCCAACCATTGATTTTCTGAACAAC[A/G]ATTATGAGCATGTTTGGTTTCACGTTTAGATGCTC
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AX-165399339	CSCSP-8768_973	TCTTGTCTGTTTGGAGTATAGAGATTGATCTCACT[A/G]TGGGTCGTCCTGGGGACCAGTCAATTCATAGGGTT
AX-123672727	CSCSP-8771_1005	ATTTGTGTTCTATCTACTTTAAAGCATAATATGTC[C/T]GTCCTGCCCTGTTCCCATTTTTGTTTTTCCATATA
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AX-165413106	CSCSP-8775_298	CATCTATTTTTCTCCTTACATTCAAACATATTTTT[A/T]CGGTTTACACAATAAACATATTTTATTTTGCATCG
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AX-165406070	CSCSP-8775_613	AACAGCGTGTATTCGGGGCCCAAATCGCAGAACCC[C/G]AACCAGCGAGTGACGCTCAGCCACTTGAGGCAGAA
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AX-165406459	CSCSP-8775_775	GTCGGCGACTCCGCCGCCATGGTGGTTCACGGCCA[C/T]GACACCACTCTCCCCATCACGCTCGACGAGATGCT
AX-165405498	CSCSP-8775_857	GCGCCGTCGCGCGTGGAGCCAAAACGCCCCTTCTC[A/G]TCGGGGACTTGCCTTTTGGCACCTACGAATCCGGT
AX-165398274	CSCSP-8775_877	AAAACGCCCCTTCTCATCGGGGACTTGCCTTTTGG[A/C]ACCTACGAATCCGGTTCCAATCAGGTCATCCTCAT
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AX-165381316	CSCSP-8775_931	AATCAGGTCATCCTCATGCATTTTTGCGTTTAGTT[C/G]TTTCACTCATTCTTCAATGCTTTTTAAGTGTTGTC
AX-165403124	CSCSP-8775_965	TGTTTCACTCATTCTTCAATGCTTTTTAAGTGTTG[G/T]CCTTTTTATTCTAGTAAATTACACTAATTTTCCTG
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AX-165371833	CSCSP-8789_307	GAGTTTTTCCCGATATGAGTTTTAAGAATTAATAA[G/T]AGGAAACCTTCCAAATTCATACACTGAAGTGGATG
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AX-123670156	CSCSP-8792_1610	AAGAGCAGCACCCAGTTGAACAACGGAAGGGTTTT[A/C]TGTGGGCAAAATACTTCAATTTTTCATTGTTGAAA
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AX-165398820	CSCSP-8792_2697	TAAACTAAACTAAACTAAAAAAAAACTAAACTAAA[C/T]TATAATAAATAGTTCACTAAACTAAATTGAACTAA
AX-165394614	CSCSP-8792_415	CTATGATGCACAGATACAATACGTTGTATCTGATA[A/T]GACAATACAATTATTCTAAAAATATATAGGATAAG
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AX-165411552	CSCSP-8792_523	ATATTTAGATATGTATAAAAGTTCATAAATATGAT[A/G]AATATATAATTGTAATTCTACAAATCCAAATCAAT
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AX-165375794	CSCSP-8793_867	CGATTTGTTTTTCTTTTCCCCTCTCAGTTTGGTTT[C/G]ATTTTCTCGGTTAGTGCAATTTTTCAATACCCTTT
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AX-165362018	CSCSP-8794_691	TATCCCATTAACAACTCTTTGACTGCAAACCTTAA[G/T]CTCATCAAACCATCCTCTGTTTTCGGACCCGACAT
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AX-165400526	CSCSP-8794_794	ACATCGCAGCCAATTCATTAACCTTCTTCACTCTT[C/G]TCTTCTCCATTCATTGCATTAACTTGTCTTATTAT
AX-165367609	CSCSP-8800_1010	ATGCTGGATGAGTATATCTGCTTGAAGGAGCAGAA[A/G]GTGATGTTGGATCAAGATCGGGTCGTTATGGAGCA
AX-165387296	CSCSP-8800_1057	TCAAGATCGGGTCGTTATGGAGCAAGAGAAGAACC[A/G]GGTTCAGATGCTGTTGCAAGGCATGCATAATGTGA
AX-165372099	CSCSP-8800_1154	CTCCCTGCACCTGCTGCAAAATCAGCGGTTGTAGC[A/G]GTTCCTCAACCAACTTTTAGTTACAAATCTCATCC
AX-165404521	CSCSP-8800_533	CAATGGCGGGGAAACAATCCAAAGCCAGAAAGCCA[A/G]AGGTGTTCGGCAAAGGCAAAGTCACTCCCACTCAG
AX-165400751	CSCSP-8800_549	ATCCAAAGCCAGAAAGCCAGAGGTGTTCGGCAAAG[A/G]CAAAGTCACTCCCACTCAGATCGCATTCATCGTCG
AX-165398737	CSCSP-8800_572	TGTTCGGCAAAGGCAAAGTCACTCCCACTCAGATC[G/T]CATTCATCGTCGACAGATACCTCTGCGACAACAAC
AX-165411701	CSCSP-8800_584	GCAAAGTCACTCCCACTCAGATCGCATTCATCGTC[A/G]ACAGATACCTCTGCGACAACAACTTCTCCTCCACT
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AX-165397173	CSCSP-8800_612	CATCGTCGACAGATACCTCTGCGACAACAACTTCT[A/C]CTCCACTCGCTCCACCTTCAGAAACGAAGCCTCTT
AX-165413255	CSCSP-8802_678	GCGCATGCTCCGAAAGGTAACCCTAACCCTAACCC[A/T]ATTTCATCTTTTCCATTCCTTTCTATTCATTTCTC
AX-165374407	CSCSP-8802_696	AACCCTAACCCTAACCCTATTTCATCTTTTCCATT[A/C]CTTTCTATTCATTTCTCCGAATTCGTAAAGCAGAG
AX-165382307	CSCSP-8802_740	TCATTTCTCCGAATTCGTAAAGCAGAGTTTGCCTC[C/T]CGAGGCGCGAGAGGCGCAGGAGCAGAAGTTGGAGG
AX-165413249	CSCSP-8802_759	AAGCAGAGTTTGCCTCCCGAGGCGCGAGAGGCGCA[C/G]GAGCAGAAGTTGGAGGGACTGAAGAAGCAGCAGGA
AX-165404874	CSCSP-8802_771	CCTCCCGAGGCGCGAGAGGCGCAGGAGCAGAAGTT[A/G]GAGGGACTGAAGAAGCAGCAGGAGATTCACACGCG
AX-165403915	CSCSP-8802_792	CAGGAGCAGAAGTTGGAGGGACTGAAGAAGCAGCA[A/G]GAGATTCACACGCGCCTCGCCGCCGAGCGCAAGAT
AX-165396313	CSCSP-8802_880	AGATCAAGTTCTTCGAGAGGAGGAAAATCGAAAGA[C/T]GAATCAGACGCCTCGAGAAATTGCACCGTTCTTCT
AX-165412184	CSCSP-8802_894	GAGAGGAGGAAAATCGAAAGACGAATCAGACGCCT[C/T]GAGAAATTGCACCGTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTC
AX-165390527	CSCSP-8804_2705	GAAATTACTTTTCATGTAGGGAGGTGTTTGTTTCA[C/T]GGATTACAAGTTCATTCCTGGGAATGTAAGCATAG
AX-165367174	CSCSP-8804_2910	GGAATTTGGGAAGTTATGTTTCAACACACTTGTAA[C/G]TTCCCTTTTTTTTTTATTTAAATGATTTCCAATGA
AX-165404439	CSCSP-8804_2954	TTTTTTTATTTAAATGATTTCCAATGAGATGGAGG[C/T]TACTGTTGGAGCTAGAAGGAGAGGGAGGCCTCGGA
AX-165387046	CSCSP-8804_3010	GAGGGAGGCCTCGGAAAACTATAGGGGAAACAGTG[A/C]TAAAGGACATGGAGATCAATGCCTTATCAAGAGAG
AX-165398622	CSCSP-8804_3021	CGGAAAACTATAGGGGAAACAGTGCTAAAGGACAT[A/G]GAGATCAATGCCTTATCAAGAGAGATGATTTATGA
AX-165412867	CSCSP-8804_3109	GTTTGATCCATATAGCCGACCCCACCTAGTGGGAT[A/T]AAGGCTTGGTTGTTGTTGTTGTTGTTTGGTCATGG

Pigeonpea 62K SNP array information including Affymetrix Probe Id, NIPB SNP Id and SNP flanking DNA sequence. The NIPB SNP Id includes gene category (e.g. AGCP in the first row) gene number (-1 in the first row) and SNP position in the reference gene sequence (_1106 in the first row).
Affymetrix Probe Id	NIPB SNP Id	Sequence	Reference
AX-165370629	CSCSP-8804_3273	GAGTTTATTTTTATGCTTTGCAAAATGTGTGAATG[A/G]TGGAATGGACACGTACAAACTTTGAAGTTGGAGTT	https://doi.org/10.1038/s41598-020-61889-0
AX-165393685	CSCSP-8804_3286	TGCTTTGCAAAATGTGTGAATGGTGGAATGGACAC[A/G]TACAAACTTTGAAGTTGGAGTTTATTTTTATGATT
AX-165395186	CSCSP-8805_1994	ATGGTTCTAGTAGAAATCTTGATTGGATGCAGGAC[A/G]ATCAACAGCTAGGGAGTGATAACAAGATAACTGAT
AX-165371655	CSCSP-8805_2077	GCTGAAGATAAATATTCATTTGATGAATGGAATGA[C/G]TTTACTGGCTCAGCTAGCATGCAAGATCCTTCTAA
AX-165370903	CSCSP-8805_2146	AATACTATTTCCAGCTCAAAGACAACTGGCCAGAG[A/T]GGAAATTTTGGATATTCTGTTGATTTTAATGATAA
AX-165400824	CSCSP-8810_1082	GAGACTAAATTAAAACTAAAAATAAAAATAAGAGA[C/T]AAAAAAATTCTATTTTAGCTTAAGTAAAACTAATC
AX-165402974	CSCSP-8810_143	ATTTTATAAATTTTAAAGTACAAGATCATATAAAA[A/G]GTTTTATAAAATGAATCAATCAGAAATCATAATTT
AX-165367902	CSCSP-8810_1680	TTCTCTCTCTATCTCTCTCTATATATATATACTTA[G/T]TTTGTTTAATAATTTATGTTCTATATCAAATTTTA
AX-165412845	CSCSP-8810_1811	AATTAAAAATTATTTCATATTTCATTTCATTAATT[C/T]AAATTGAATTAATGAAATGAAATATTAAATAATTT
AX-165391057	CSCSP-8810_183	TATAAAATGAATCAATCAGAAATCATAATTTGTAT[A/G]ACTTTTAAAATAATTATCATAAAAATTAACAAACT
AX-165389297	CSCSP-8810_2214	TTTAGCTTATAAAAAAATTATTTTGATTTTCTTTC[C/T]TATTTTTCTCTCTTAAAAGTGTTTTTGGAAAATCT
AX-165393345	CSCSP-8810_239	AAAAATTAACAAACTTACATTCATGATGAATTATA[A/G]TTAGATGATTAAATAAAATAATATTACATCATTAA
AX-165371742	CSCSP-8810_2538	TACGGTAATAAGCATATTAAAATTATGCAACTTCA[G/T]TTTCATTTATCACATAGCACCCCTCACAAAATACT
AX-165364812	CSCSP-8810_2588	TAGCACCCCTCACAAAATACTTGATTTTTAGAGTT[C/T]AATTGTCATGCAATGTGGTTTACGCTGATAACCAA
AX-165402204	CSCSP-8810_2611	ATTTTTAGAGTTTAATTGTCATGCAATGTGGTTTA[C/T]GCTGATAACCAAGTAGAAATCTCTGTTAGTGTATG
AX-165374063	CSCSP-8810_3055	TAAGCCCTATAAGATGGAAACAAAAACCTCTTGTA[A/G]GCCAGCATCAAAACAAGAGCATTTCTGACCTTGCA
AX-165400246	CSCSP-8810_366	CTTCATTGGTATTTGTTAATATTCTTTTGAGGGGG[C/G]AAACAAATTATTAGAAATATGTGGTTGGCCCCTCT
AX-165411219	CSCSP-8810_757	TTTTACACTGACAACCAATTATATTTTTTAATTGT[A/G]TCATGTCACTGTAAACACATTTACTTTTAACAGTG
AX-165409793	CSCSP-8810_768	CAACCAATTATATTTTTTAATTGTATCATGTCACT[A/G]TAAACACATTTACTTTTAACAGTGACATGACATAA
AX-165411648	CSCSP-8810_801	CTGTAAACACATTTACTTTTAACAGTGACATGACA[C/T]AATTAAAAGATATAATTGGTTGCTAGTGAAAAAAA
AX-165361704	CSCSP-8812_438	GCATTCCCAAGCTATGATCAACAAAAATGAAAGCA[A/T]TCCATTTCCTCTCCCACTTGAAAATTCCAATTTGA
AX-165413877	CSCSP-8812_438	GCATTCCCAAGCTATGATCAACAAAAATGAAAGCA[A/T]TCCATTTCCTCTCCCACTTGAAAATTCCAATTTGA
AX-165408948	CSCSP-8814_550	GTCACGGACGCTGCCCGCGCGGCCGCCTGCAGGGA[C/T]GGGGCGGCGGCGTCTCACCTCAAAACGATCTCAAT
AX-165397342	CSCSP-8814_590	CGGCGGCGTCTCACCTCAAAACGATCTCAATCTTG[C/G]TCATCTTCGTGACGAGCGTGGCGGGGATGTCGTCG
AX-165400684	CSCSP-8814_662	CGGTGCTGCTGGCGGGAGTCTTCAGGGGAAAGGCG[C/G]TCTACGACAAGGCCTTGGTGGTCATAAAGTGTTTC
AX-165405411	CSCSP-8814_683	TCAGGGGAAAGGCGGTCTACGACAAGGCCTTGGTG[C/G]TCATAAAGTGTTTCGCGGCGGGCGTCATCCTCTCC
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